Durante quest’epoca il borgo di Brugnera viene citato nel 1219 come “Brugnara”, presso cui si creò un porto fluviale in quella che è un’ansa naturale del Livenza. Nel 1220 l’esercito trevigiano distrusse il castello. Dopo quella distruzione l’abitato si sviluppò sulla riva sinistra del Livenza (dove si trova ancora oggi), mentre prima si trovava sulla riva opposta.

Nel 1268 i signori di Porcia e Brugnera si divisero nuovamente in due rami: quello “di sopra”, conti, e quello “di sotto”, principi. Nel 1335 i signori di Porcia concessero uno statuto alla comunità di Brugnera, dove vi erano un podestà e due consoli.

I Brugnera sul finire del Trecento si allearono ai nobili padovani da Carrara, avversari del Patriarca, per cui il maniero fu attaccato e preso dagli Udinesi (1386), che erano tra gli alleati patriarcali. In questo periodo, oltre a contadini, artigiani e pescatori, dentro le mura di Brugnera vivevano anche banchieri ebrei, che esercitavano attività feneratizie, protetti dai signori di Porcia.

Durante le lotte che all’inizio del Quattrocento spinsero Venezia alla conquista del Patriarcato, Federico di Porcia si sottomise spontaneamente a Venezia, a cui fece atto di donazione del castello (1418). Nel 1420 Venezia conquisterà definitivamente il Friuli e finirà il potere temporale del Patriarca. I conti di Porcia e Brugnera vedranno confermati i loro titoli e possedimenti.

Nel Cinquecento sorse villa Varda nell’ambito delle residenze nobiliari di campagna che lentamente cominciavano a diffondersi, fu la residenza di campagna della famiglia bergamasca dei Mazzoleni, che avevano diverse proprietà nella zona. Ma il territorio non fu solo teatro di idilliache scene bucoliche, ma anche dei fermenti religiosi della Riforma e Controriforma. 

Una delle figure di spicco della Riforma protestante in Italia fu Lucio Paolo Rosello, parroco di Maron di Brugnera dal 15 aprile 1532 al 26 ottobre 1548. Dottore in utroque iure, nel corso degli anni Quaranta del Cinquecento aderì alle idee della Riforma, avvicinandosi a circoli eterodossi, come quello detto degli “spirituali” (particolarmente attivo a Venezia, oltre che in tutta l'area veneto-friulana). Alla fine del 1548 abbandonò la parrocchia di Maron e si trasferì a Venezia, dove svolse un'intensa attività come scrittore, traduttore e poligrafo, condividendo temi teologici come la giustificazione per sola fede. Anche sul luogo dove sorgeva il castello di Brugnera, nel Seicento verrà costruito un nuovo palazzo dalla famiglia Porcia.

Nel 1797 Napoleone Bonaparte travolge la repubblica di Venezia e con l’istituzione del Regno Italico francese nel 1805, Brugnera entrò come comune di III classe nel Dipartimento del Tagliamento, Distretto di Spilimbergo, Cantone di Sacile. Segno importante di questi fatti per Brugnera fu quando nel 1809, dopo la sconfitta nella battaglia dei Campi Molli (vicino a Sacile) contro gli austriaci, il generale Eugenio de Beauharnais (figlio adottivo di Napoleone e viceré d’Italia) trovò rifugio proprio nel paese di Brugnera.

Nel 1819, durante il periodo del Regno Lombardo-Veneto come possedimento dell’impero Asburgico, a Brugnera fu assegnato un consiglio comunale. Nel 1866, in seguito alla III guerra d’indipendenza, Brugnera seguì le sorti del Friuli occidentale ed entrò nel Regno d’Italia.