La via dei commerci che da Aquileia portava a Cividale del Friuli, solcava Aiello, ed è per questo motivo che molti resti romani vengono frequentemente ritrovati nella zona. 

Relativamente a quest’epoca, negli anni Settanta e Ottanta del secolo scorso, in località Casali Mazzilis presso Joannis, furono condotti degli scavi che portarono alla luce una grande villa romana. La villa, che i materiali rinvenuti descrivono come ricca, fu utilizzata dal I al IV-V secolo. Sono stati individuati anche dei torculari, piccoli ambienti destinati alla pigiatura dell’uva.

Numerosi altri ritrovamenti occasionali di interesse archeologico sono stati fatti nei terreni presso la Chiesa della Madonna dell’Aiuto o Ancona Colloredo, indicanti un insediamento di età romana. Oltre ad pozzo in mattoni ricurvi del diametro di 1,10 m e tracce di un'altra struttura, sono stati recuperate tessere di mosaico bianco e nero, frammenti di ceramica, un laterizio con bollo impresso SEMPR ed alcune monete.

Sempre nella medesima località è stato individuato un sepolcreto, documentato dalla scoperta di una tomba "a sarcofago" in mattoni ed un’urna cineraria in pietra al cui interno fu rinvenuto un coltello in ferro, leggermente ricurvo. Ancora frammenti d'anfora, pezzi di marmo, una chiave in bronzo, delle monete e un campanaccio in bronzo per animali e altri reperti. Tracce che indicano la possibile presenza un'abitazione oppure di una necropoli. 

Con l'arrivo dei longobardi furono istituite le gastaldie, rette dal gastaldo, un amministratore del re: Aiello del Friuli fu una delle prime gastaldie in Friuli. Il documento più antico che nomini Aiello del Friuli è datato 12 dicembre 1202.

A quell'epoca il paese dipendeva dal conte di Gorizia, il quale vi teneva "il Placito" (amministrazione pubblica della giustizia) due volte l'anno. Altro documento importante è la "Recoquitio feudorum Pasculis de Aquileia" del 1275, in cui viene esplicitamente citato.

La circoscrizione gastaldionale di Aiello del Friuli comprendeva le ville di: Joannis, piccolo centro posto a NE di Cervignano del Friuli, nominato sin dal 1202; Crauglio; Tapogliano; San Vito al Torre. Nello stemma di Aiello, infatti, c'è un'aquila su quattro quartieri.

In seguito alle tensioni generate dall’eredità della contea di Gorizia nel 1508 scoppiò la guerra tra Venezia e l'impero. Dopo l’iniziale successo veneziano, il papa promuoverà la Lega di Cambrai che metterà in difficoltà la Serenissima. Si giungerà alla pace con la dieta di Worms del 3 maggio 1521, che stabilirà la divisione dei territori. La gastaldia di Aiello verrà assegnato all’Arciduca d'Austria. La gastaldia verrà fusa con quella di Aquileia nel 1542. Aiello rimarrà tra i territori austriaci sino al 1918.