A Udine, anticamente, la parte nord del Castello di Udine costituiva la Villa Superiore, un abitato esterno al nucleo cittadino. Siccome vi scorreva la Roggia fu detta Riul, Rivo ed anche Bòrc di San Quirin, per la chiesa ed il convento omonimi esistenti in quella periferia. 

Nel 1294 fu fondato il Convento di Santa Chiara o della Cella ed il borgo venne così denominato. Prevalse poi il nome Gemona per la porta omonima che nella seconda cerchia di mura era tra il Palazzo Bartolini e Vicolo Lenna. Mentre con la III cerchia la porta fu spostata in avanti, all'altezza di piazzetta Antonini. Più tardi con la costruzione della quinta cerchia delle mura, Porta Gemona venne trasportata in fondo alla via attuale, dove oggi c’è Piazzale Osoppo. 

Sotto il patriarca Raimondo della Torre, Uccelluto de’ Uccellis, cittadino udinese che il 18 novembre 1285 aveva già fondato la chiesa di San Lazzaro, con un adiacente lazzaretto, estero alla Porta che in seguito prese questo nome, lasciò una forte somma di denaro e molti beni per la costruzione della chiesa di Santa Chiara, che fu iniziata nel 1294 e terminata nel 1303, e l’istituzioine di un annesso convento femminile di monache clarisse, completato nel 1306. 

L’idea di trasformare il convento in un collegio femminile venne a Lodovico Uccellis che lasciò un legato nel 1431 che impegnava le monache, all’estinzione delle due linee maschili della sua famiglia. Il legato entrò in esecuzione nel 1685, quando si estinse il casato Savorgnan-Uccellis, ma non disponendo più della casa, le fanciulle ebbero varie sistemazioni esterne, aprodando solo nel 1818, dopo le traversie napoleoniche, all’attuale sede, presso le clarisse.

Tuttavia, con l’ingresso del Friuli nel Regno d’Italia entrò in vigore una legge che soppresse il convento costringendo le clarisse a trasferirsi presso la Madonna delle Grazie e destinando il convento ad istituto di educazione per giovinette, mantenendo il nome del fondatore, e che iniziò la sua attività nel 1870.

Nel 1556 dalla famiglia Antonini fu commissionata la costruzione di un sontuoso palazzo, la cui progettazione fu affidata al grande architetto Andrea Palladio. Il palazzo viene terminato solo nel secolo successivo e decorato con importanti affreschi di Odorico Politi. Fu a lungo la sede della filiale udinese della Banca D’Italia.

Nel borgo trascorse l’infanzia, sul finire del Quattrocento, anche Giovanni da Udine, la cui famiglia acquistò qui una casa, che trova al civico n. 15,  presso l’angolo della via con Via Giovanni da Udine, appunto.

Nel 1472 una banda di Turchi giunse fino a Porta Gemona ed incendiò la prima chiesa dedicata a San Quirino che era fuori delle mura, in piazzale Osoppo, nell'area di Palazzo Moretti. Un gruppo di prodi comandati da Martino Vincenzi li mise in fuga spegnendo l’incendio. Col tempo poi la chiesa andò in rovina e venne soppressa. La campana fu donata ai frati del Carmine per il campanile della costruenda chiesa in Via Aquileia. 

C’era necessità di una nuova chiesa e il Patriarca Francesco Barbaro, dopo aver diviso nel 1595 la città di Udine in nove parrocchie, il 28 agosto 1599 ne promosse la costruzione. La chiesa fu terminata nel 1686. Nel 1677 il titolo fu cambiato in "Madonna della Misericordia" e nel 1701 assunse l’attuale titolo di San Quirino. Il campanile fu costruito tra il 1723-25. 

Nel XVII secolo esisteva un mulino sulla roggia, nella zona cosiddetta borgo Isola. Il mulino fu poi venduto ad un privato. Sul finire del Seicento, Giulio Quaglio affrescò la chiesa di Santa Chiara, che rappresenta oggi un piccolo gioiello.

Nel Settecento, nelle case a fianco di palazzo Antonini, sorse una locanda detta allora "Al pozzo" per il pozzo che si trovava al centro della piazzetta. Si narra che un cliente per le troppe libagioni vi affogo miseramente. Questo allora venne chiuso e l'osteria cambiò nome in quello de “Ai Frati”. 

Il nome lo si può interpretare in due maniere o con le figure di frati che erano dipinte sulle pareti, o per via dei proprietari, i due fratelli Caneva, zii del generale Carlo Caneva, conquistatore della Libia, che erano talmente religiosi da chiudere l’esercizio non appena le campane della vicina chiesa di San Cristoforo chiamavano i fedeli ai vespri o alla messa e di non aprirlo la Domenica, se non dopo la messa grande. 

Il conte Francesco di Toppo, erudito archeologo e letterato udinese (1797-1883), si occupò della cosa pubblica e di studi storici. 

Con testamento del 19 gennaio 1876 destinò il suo patrimonio alla fondazione del collegio Toppo-Wassermann, che fu aperto nel 1900, lasciando poi la sede, il settecentesco Palazzo Polcenigo-Garzolini, in eredità al comune di Udine.

Nel 1951 si copri la roggia che costeggiava scoperta via Gemona da Piazzale Osoppo a Via Giovanni da Udine. Nel 1967 fu costruita la nuova chiesa di San Quirino, opera dell’ing. Antonio De Cilia, che si ispira alle forme del teatro greco, recependo le indicazioni conciliari. 

Di fronte alla nuova chiesa, nel 1972 si abbatté un tratto di muro di recinzione del Collegio Uccellis, per mettere in luce la facciata della trecentesca chiesa di Santa Chiara.

All’altezza del civico 60/A di Via Gemona un’epigrafe del 1795, ricorda i lavori compiuti dal luogotenente Pietro Canal.